La principale limite de l’indicateur tient dans l’échelle administrative utilisée. En effet,l’échelle régionale est peu  adaptée pour le suivi de ces espèces très mobiles, y compris en cours de saison de reproduction. L’évolution des effectifs régionaux peut ainsi être biaisée du fait de changements de sites de colonies (en particulier entre Camargue (PACA) et  Camargue gardoise (Occitanie)). Les suivis des laro-limicoles se font actuellement à l’échelle de l’arc méditerranéen
français. Une seconde limite réside dans l’interprétation des résultats, reflétant davantage la qualité et de la quantité  des sites de reproduction favorables, souvent artificiels ou restaurés.

La menace principale, concernant toutes les espèces de laro-limicoles, est constituée par la variation des niveaux d’eau  dans les lagunes en cours de saison de reproduction (avril-juillet principalement). Un manque de niveau d’eau implique une prédation des nids quasi-systématique par les mammifères terrestres. Au contraire, une augmentation de la lame  d’eau ou des coups de mer peuvent submerger la colonie. Les dérangements nombreux subis par la Sterne naine sur ses  colonies, qu’il s’agisse de simples promeneurs ou des chiens non tenus en laisse, sont récurrents et difficiles à limiter  malgré un investissement en temps et en matériel important. La baisse des ressources trophiques dans les lagunes méditerranéennes ou en mer pourrait, à terme, affecter les populations languedociennes de laro-limicoles. L’augmentation des effectifs des prédateurs opportunistes, favorisés par l’anthropisation de la frange littorale  languedocienne, pourrait avoir un impact, souvent localisé, sur certaines colonies (impact récent du Grand-duc).