L'Agence européenne de l'environnement définit un indicateur de biodiversité comme étant "une mesure généralement quantitative, qui peut être utilisée pour illustrer et faire connaître de manière simple des phénomènes complexes relatifs à la biodiversité, y compris des tendances et des progrès dans le temps."
Chaque indicateur est une représentation synthétique et contextuelle dont l'objectif est d'apporter des éléments de réponse à une question préalablement identifiée.

L'évaluation de la biodiversité repose sur le modèle "pression-état-réponse" qui présente l'avantage de comprendre les liens entre les pressions issues des activités humaines, l'état de la biodiversité et les réponses apportées par les politiques publiques ou de manière générale de la société.